Sergey Kazakov

Sergey Kazakov

Sergey Kazakov





ITMO University
M. Sc., Researcher at Computer Technologies Laboratory

Interests: bioinformatics, automata-based programming technologies

Google Scholar profile
ResearchGate profile
VK.com profile


Links


Publications (English)

2016

  1. Ulyantsev V., Kazakov S., Dubinkina V., Tyakht A., Alexeev D. MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data // Bioinformatics. 2016. (to appear) [oxfordjournals.org]
  2. Komissarova S., Chakova N., Niyazova S., Kazakov S., Zhukova E., Aleksandrov A., Glotov O., Glotov A. The specifics of hypertrophic cardiomyopathy clinical presentation in patients with various mutations of sarcomere genes // Russian Journal of Cardiology. 2016. 129 (1) pp. 20-25. [scopus.com]

2015

  1. Suleimanova A., Toymentseva A., Boulygina E., Kazakov S., Mardanova A., Balaban N., Sharipova M. High-quality draft genome sequence of a new phytase-producing microorganism Pantoea sp. 3.5.1 // Standards in Genomic Sciences. 2015. 10:95. doi:10.1186/s40793-015-0093-y. [pdf] [standardsingenomics.com]
  2. Toymentseva A., Suleimanova A., Boulygina E., Kazakov S., Baranova D., Akhmetova A., Mardanova A., Sharipova M. Draft Genome Sequence of Bacillus ginsengihumi Strain M2.11 with Phytase Activity // Genome Announcements. 2015. 3(4):e00851-15. doi:10.1128/genomeA.00851-15. [pdf] [genomea.asm.org]
  3. Kazakov S., Ulyantsev V., Dubinkina V., Tyakht A., Alexeev D. MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data / In Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2015 (MCCMB'15). Moscow, Russia. 2015. [pdf] [poster]
  4. Glotov A., Kazakov S., Zhukova E., Alexandrov A., Glotov O., Pakin V., Danilova M., Poliakova I., Niyazova S., Chakova N., Komissarova S., Kurnikova E., Sarana A., Sherbak S., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group // Clinica Chimica Acta. 2015. Vol. 446, pp. 132-140. doi:10.1016/j.cca.2015.04.014. [pdf] [sciencedirect.com]
  5. Buzhinsky I., Kazakov S., Ulyantsev V., Tsarev F., Shalyto A. Modification of the Method of Generation of Control Finite State Machines with Continuous Actions Based on Training Examples // Journal of Computer and Systems Sciences International. 2015. Vol. 54, no. 6, pp. 853–865. [link.springer.com]

2014

  1. Mardanova A., Toymentseva A., Gilyazeva A., Kazakov S., Shagimardanova E., Khaitlina S., Sharipova M. Draft Genome Sequence of Serratia grimesii Strain A2 // Genome Announcements. 2014. 2(5):e00937-14. doi:10.1128/genomeA.00937-14. [pdf] [genomea.asm.org]
  2. Kazakov S., Shalyto A. Overlap graph simplification using edge reliability calculation / In Proceedings of the 8th International Conference on Intelligent Systems and Agents 2014 (ISA 2014). Lisbon, Portugal. 2014. pp. 222-226. [pdf] [presentation]

2013

  1. Bradnam K., Fass J. et al. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species // GigaScience. 2013. Vol. 2, No. 1, pp. 1-31. [pdf] [link.springer.com]
  2. Aleksandrov A., Kazakov S., Sergushichev A., Tsarev F., Shalyto A. The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior // Journal of Computer and Systems Sciences International. 2013. Vol. 52, No. 3, pp. 410-425. [pdf]
  3. Sergushichev A., Alexandrov A., Kazakov S., Tsarev F., Shalyto A. Combining de Bruijn graphs, overlap graphs and microassembly for de novo genome assembly // Izvestiya Saratovskogo Universiteta. New series. Series Mathematics. Mechanics. Informatics. 2013. Vol. 13, No. 4, pp. 51-57. [abstract pdf] [russian paper pdf]

2012

  1. Alexandrov A., Kazakov S., Melnikov S., Sergushichev A., Shalyto A., Tsarev F. Combining de Bruijn graph, overlap graph and microassembly for de novo genome assembly / In Proceedings of "Bioinformatics 2012". Stockholm, Sweden. 2012. p. 72. [pdf] [poster]

2011

  1. Alexandrov A., Sergushichev A., Kazakov S., Tsarev F. Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions / In Proceedings of the 13th annual conference companion on Genetic and evolutionary computation (GECCO-2011). 2011. pp. 775-778. [pdf]

Publications (Russian)

2016

  1. Комиссарова С., Чакова Н., Ниязова С., Казаков С., Жукова Е., Александров А., Глотов О., Глотов А. Особенности клинических проявлений гипертрофической кардиомиопатии у пациентов с различными мутациями в генах саркомеров // Российский кардиологический журнал. 2016. № 1 (129), с. 20–25.
  2. Казаков С. В., Шалыто А. А. Сборка генома de novo из данных высокопроизводительного секвенирования на персональном компьютере / Материалы международной научной конференции «Компьютерные науки и информационные технологии». 2016. С. 178–181.

2015

  1. Казаков С., Ульянцев В., Дубинкина В., Тяхт А., Алексеев Д. Metafast: высокопроизводительный сравнительный анализ метагеномов на основе графа де Брейна / Сборник тезисов I международной школы-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Биомедицина, материалы и технологии XXI века". Казань, 2015. С. 98. [pdf]
  2. Бужинский И., Казаков С., Ульянцев В., Царев Ф., Шалыто А. Модификация метода генерации управляющих конечных автоматов с непрерывными воздействиями по обучающим примерам // Известия РАН. Теория и системы управления. 2015. № 6. С. 17–30. [elibrary.ru]

2014

  1. Ульянцев В., Казаков С., Дубинкина В., Тяхт А., Алексеев Д. Metafast - программное средство для высокопроизводительного сравнительного анализа метагеномов / Сборник трудов IV международной научно-практической конференции "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине". Казань, 2014. с. 103. [pdf] [presentation]

2013

  1. Сергушичев А., Александров А., Казаков С., Царев Ф., Шалыто А. Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия Математика. Механика. Информатика. 2013. Т. 13, вып. 2, ч. 2, с. 51–57. [pdf] [english abstract]
  2. Александров А., Казаков С., Сергушичев А., Царев Ф., Шалыто А. Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением // Известия РАН. Теория и системы управления. 2013. № 3, с. 85-100. [pdf]

2012

  1. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. № 6 (82), с. 93-98. [pdf]
  2. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф., Шалыто А. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий / Труды Конгресса по интеллектуальным системам и информационным технологиям «IS&IT’12». 2012. Т. 3, c. 283-288. [pdf]
  3. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Федотов П., Царев Ф., Шалыто А. Параллельный алгоритм de novo сборки генома с использованием технологии MapReduce / Сборник трудов международной суперкомпьютерной конференции "Научный сервис в сети Интернет: поиск новых решений" и конференции молодых ученых "Теория и практика параллельного программирования". 2012, с. 679-683. [pdf]
  4. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Федотов П., Царев Ф. Метод сборки генома с использованием технологии MapReduce / Сборник тезисов докладов I всероссийского конгресса молодых ученых. Санкт-Петербург. 2012. № 1, с. 234–235.
  5. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий / Сборник тезисов докладов I всероссийского конгресса молодых ученых. Санкт-Петербург. 2012. № 1, с. 235–237.
  6. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А. Метод de novo сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де брюина и графов перекрытий / Труды XIX Всероссийской научно-методической конференции «Телематика'2012». Санкт-Петрбург. 2012. Т. 1, с. 183–185.
  7. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф., Шалыто А. Совместное применение графов де Брёйна, графов перекрытий и микросборки для de novo сборки генома / Сборник тезисов III международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань. 2012. С. 45–46.

2011

  1. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф., Шалыто А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 5 (75), с. 81-84. [pdf]
  2. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф. Метод сборки геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий / Тезисы II Международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика». Новосибирск. 2011. Т. 2, с. 188.
  3. Александров А., Казаков С., Мельников С., Прохорчук Е., Царев Ф., Шалыто А. Разработка метода удаления ошибок из набора чтений нуклеотидной последовательности / В материалах 2-й межвузовской научной конференции по проблемам информатики СПИСОК-2011, 2011, с. 326-329.
  4. Александров A., Исенбаев В., Казаков С., Сергушичев А., Мельников С., Царев Ф. Метод сборки генома с помощью восстановления его фрагментов по парным чтениям / Сборник тезисов докладов конференции молодых ученых. 2011. № 1, с. 220.
  5. Казаков С., Царев Ф., Шалыто А. Метод построения конечных автоматов верхнего уровня для управления моделью беспилотного самолета на основе обучающих примеров // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 6 (76), с. 64-68. [pdf]
  6. Александров А., Казаков С., Сергушичев А., Царев Ф., Шалыто А. Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 2 (72), с. 3-11. [pdf]

Conferences (English)

2015

  1. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2015 (MCCMB'15). Moscow, Russia. 16.07.2015 - 19.07.2015. [abstract] [poster]

2014

  1. 8th International Conference on Intelligent Systems and Agents 2014 (ISA 2014). Lisbon, Portugal. 15.07.2014 - 17.07.2014. [paper] [presentation]

2012

  1. Bioinformatics 2012. Stockholm, Sweden. 11.06.2012 - 14.06.2012. [abstract] [poster]

2011

  1. de novo Genome Assembly Assessment Project workshop (dnGASP). Barcelona, Spain. 05.04.2011 - 07.04.2011.
  2. Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO-2011). Dublin, Ireland. 12.07.2011 - 16.07.2011. [paper]

Conferences (Russian)

2016

  1. VII Международная научная конференция «Компьютерные науки и информационные технологии» (сайт). Саратов. 30.06.2016 - 02.07.2016.
  2. Всероссийская научная конференция по проблемам информатики (СПИСОК–2016). Санкт-Петербург. 26.04.2016 - 29.04.2016.

2015

  1. I Международная школа-конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Биомедицина, материалы и технологии XXI века» (сайт). Казань. 25.11.2015 - 28.11.2015. [abstract]
  2. Летняя школа по биоинформатике 2015 (сайт). Москва. 20.07.2015 - 25.07.2015. [presentation]

2014

  1. IV международная научно-практическая конференция "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине". Казань. 29.10.2014 - 01.11.2014. [abstract] [presentation]

2013

  1. Выставка "Итоги реализации федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса РФ на 2007-2013 годы". [poster]

2012

  1. Международная суперкомпьютерная конференция «Научный сервис в сети Инернет: поиск новых решений». Абрау-Дюрсо, Краснодарский край. 17.09.2012 - 22.09.2012.
  2. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань. 22.11.2012 - 24.11.2012.
  3. I Всероссийский конгресс молодых ученых. Санкт-Петербург. 10.04.2012 - 13.04.2012.
  4. Всероссийская научная конференция по проблемам информатики (СПИСОК – 2012). Санкт-Петербург. 25.04.2012 - 27.04.2012.
  5. XIX Всероссийская научно-методическая конференция «Телематика’2012». Санкт-Петербург. 25.06.2012 – 28.06.2012.

2011

  1. Международная научно-практическая конференция «Современные информационные технологии и ИТ-образование». МФТИ, Долгопрудный. 07.11.2011 - 11.11.2011.
  2. II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика». Новосибирск. 14.11.2011 - 17.11.2011.
  3. VIII Всероссийская межвузовская конференция молодых ученых. СПбГУ ИТМО. 12.04.2011 - 15.04.2011.
  4. 2-ая Межвузовская конференция по проблемам информатики (СПИСОК-2011). СПбГУ. 27.04.2011 - 29.04.2011.

2010

  1. VII Всероссийская межвузовская конференция молодых ученых. Санкт-Петербург. 20.04.2010 - 23.04.2010.

Grants (Russian)

  1. Победитель конкурса грантов для студентов вузов, расположенных на территории Санкт-Петербурга, аспирантов вузов, отраслевых и академических институтов, расположенных на территории Санкт-Петербурга 2014 года.
  2. Грант РФФИ «Мой первый грант» (2014-2015). Номер: 14-07-31244 мол_а. Разработка метода построения конечных автоматов для управления объектами со сложным поведением на основе обучающих примеров.
  3. Победитель конкурса грантов для студентов вузов, расположенных на территории Санкт-Петербурга, аспирантов вузов, отраслевых и академических институтов, расположенных на территории Санкт-Петербурга 2013 года.
  4. Победитель конкурса грантов для студентов вузов, расположенных на территории Санкт-Петербурга, аспирантов вузов, отраслевых и академических институтов, расположенных на территории Санкт-Петербурга 2012 года.

Program registration certificates (Russian)

  1. Александров А., Казаков С., Сергушичев А. Программное средство, реализующее алгоритм исправления ошибок вставки и удаления в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2013660882. Дата регистрации - 21.11.2013. [is.ifmo.ru]
  2. Александров А., Казаков С., Сергушичев А. Программное средство, реализующее алгоритм упрощения графа перекрытий при сборке геномных последовательностей // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2013660881. Дата регистрации - 21.11.2013. [is.ifmo.ru]
  3. Александров А., Казаков С., Царев Ф., Сергушичев А., Федотов П. Программное средство, реализующее запуск этапов сборки генома через графический интерфейс пользователя // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2013619155. Дата регистрации - 26.09.2013. [pdf]
  4. Александров А., Казаков С., Царев Ф., Сергушичев А., Федотов П. Программное средство, реализующее алгоритм поиска перекрытий между квазиконтигами // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2013616471. Дата регистрации - 09.07.2013. [is.ifmo.ru]
  5. Александров А., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Федотов П., Царев Ф. Программное средство для сборки квазиконтигов из парных чтений // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2012616774. Дата регистрации - 27.07.2012. [is.ifmo.ru]
  6. Александров А., Исенбаев В., Казаков С., Мельников С., Сергушичев А., Царев Ф. Программное средство для удаления ошибок из набора чтений нуклеотидной последовательности // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2011614454. Дата регистрации - 06.06.2011. [is.ifmo.ru]
  7. Александров А., Казаков С., Сергушичев А., Царев Ф. Программное средство для генерации конечных автоматов с дискретными и непрерывными выходными воздействиями // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2011615664. Дата регистрации - 19.07.2011. [is.ifmo.ru]

Theses (Russian)


Other

  1. Mardanova A., Toymentseva A., Gilyazeva A., Kazakov S., Shagimardanova E., Khaitlina S., Sharipova M. Draft genome sequence of Serratia grimesii Strain A2. Assembled genome in the NCBI database. 2014. [NCBI]
  2. Toymentseva A., Boulygina E., Kazakov S., Kayumov I., Suleimanova A., Mardanova A., Maria S., Sharipova M. Draft genome of phytase producing Bacillus ginsengihumi strain M2.11. Assembled genome in the NCBI database. 2014. [NCBI]


Last updated on